La metodología de FUNDASAL, está fundamentada en el desarrollo y potenciación de las capacidades de la población participante como protagonistas principales de sus transformaciones individuales, familiares y colectivas, contribuyendo significativamente a la disminución de manifestaciones directas de la pobreza y exclusión social a través de los procesos de producción social de la vivienda y el hábitat.

La metodología institucional basada en el aprender-haciendo y la ayuda mutua, constituye una escuela para la colectividad, para hacer comunidad; las familias conocen, se integran, aprenden a trabajar juntas, a intercambiar opiniones, a superar conflictos y establecer acuerdos. En este sentido se promueve la autogestión, procesos en donde la población se apropia y empodera para la toma de decisiones para enfrentar su problemática y la participación ciudadana, a través de la cual la población organizada incide ante el Estado y la Sociedad por el cumplimiento de su derecho humano a la vivienda adecuada que dignifique sus condiciones de vida.

El trabajo de FUNDASAL es un proceso de mutuo aprendizaje y mejora continua entre las comunidades y la experticie institucional, basados en la investigación y sistematización de buenas prácticas, a partir de las cuales se analizan y difunden modelos de intervención que son documentados y transferidos, de acuerdo a las particularidades de cada realidad.